專利侵權案件中，被控侵權人除得於侵權訴訟中向民事法院主張專利無效，亦可向經濟部智慧財產局（下稱「智慧局」）提起請求撤銷專利權。此種由法院與智慧局對於專利有效性分別判斷的二元體制，難以避免有看法歧異的可能。
一個尷尬的情境是，如果法院在確定判決中，認定專利有效並准許判決被告應支付賠償金，智慧局嗣後卻撤銷該專利，則受不利判決之被控侵權人得否以專利已被撤銷為由，提起再審之訴？也就是，被控侵權人能否討回已經支付的賠償金？
過往，智慧財產法院曾於個案中認為，控侵權人不得以專利被撤銷為由提起再審之訴，其理由為，智慧財產案件審理法已賦予法院就專利有效性自為判斷之權限，故民事法院係自行調查證據，判斷該專利為有效，並非以智慧局准予該專利之行政處分作為判決基礎。 但，最高法院則認為，專利權係依據智慧局授予專利之行政處分生效而取得，專利權人因該行政處分而得以他人侵害其專利權為由提起侵權訴訟，法院確定判決係是以侵害專利權為理由，判決被告應負賠償責任，故該授予專利之行政處分已構成判決之基礎；且依專利法規定，專利權被撤銷確定後即視為自始不存在，故應認為判決基礎之行政處分已變更。被告人若據此提起再審之訴，符合於民事訴訟法所定之再審事由。(最高法院104年台上字第407號民事判決)
為了解決此爭議，修正後的智慧財產案件審理法(2023年8月30日起施行)規定，專利舉發成立處分確定時，當事人不得依民事訴訟法第496條第1項第11款規定，對於專利權侵害事件之確定終局判決提起再審之訴，明確地否定被控侵權人以專利被撤銷為由提起再審之訴。其修正理由略為：
(1)
當法院於專利權侵害事件之民事確定終局判決，係肯認專利權有效，如果因為智慧財產專責機關事後確定之專利權舉發判斷，而使專利權人需樣將已受領之損害賠償金返還給被告，將有損公眾對專利權有效性及專利權範圍之信賴。
(2)
本次修法採行律師強制代理制度，並增訂法院與智慧財產專責機關間之資訊交流及法院判斷智慧財產權之權利有效性或更正專利權範圍合法性等爭點時，得徵詢智慧財產專責機關之意見等相關規定交互運用，以避免法院與智慧財產專責機關對於專利權之權利有效性及專利權範圍發生判斷歧異之情形。
(3)
基於維持確定終局判決之安定性、促進紛爭解決一次性、減輕雙方當事人之訴訟負擔等各情，縱因事後確定處分已變更專利權之權利有效性，仍應限制當事人不得依民事訴訟法對該確定終局判決提起再審之訴。
簡言之，依據修正後的智慧財產案件審理法，一但在民事法院為最終判決之後，即便被控侵權者能成功撤銷該專利，也無法該敗訴的判決，因此，被告方應該更加謹慎的處理專利侵權訴訟，在訴訟進行期間中，盡量蒐集可作為無效專利的證據資料，在法院作出最終判決之前，將可無效專利的證據提交給法院或智慧局，力求在法院作出最終判決之前，無效該件專利。
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