對於不熟悉專利制度的人而言，第一次聽到專利權被撤銷或專利被宣告無效的概念時，可能會感到疑惑。為什麼專利權會無效或被撤銷？要理解這個概念，得從專利制度的基本理念說起，專利制度的基本理念是，國家賦予發明人一個無體財產權，來換取發明人把技術公開揭露，讓公眾都能知悉這個技術。也就是，之所以會賦予發明人專利權，目的在於讓一個公眾都還不知情或不熟悉的技術公諸於眾，透過這樣的方式，可以減少重複投入資源研發相同技術。
因此，如果發明人用以申請專利權的技術(將要被公開的技術)是公眾早已知悉、輕易可知悉，或是產業界人士依據以前的技術就能輕易完成時，則不應給予發明人專利權。但，由於專利審查的過程中，審查人員不可能將可能存在先前技術都找出來，都拿來衡量判斷是否改核發專利權，並不是每件專利權都是正確無誤而該核准專利權，一定會有一些價值較低的技術，被錯誤地核准專利權。也因此，專利法設立有舉發之公眾輔助審查制度，藉公眾之協助，專利專責機關就公告的專利案再予審查，使專利權之授予更臻正確無誤。
這樣的專利舉發制度，在實際發生專利侵權訴訟時，會有複雜的情況發生。專利權的核發是行政機關(智慧財產局)，不是法院的權利，因此，邏輯上，專利權的撤銷的決定，也該是由智慧財產局或是審理智慧財產局行政決定的行政法院來作出最終決定，而不是由民事法院來作出最終決定。但是，在發生專利侵權訴訟時，如果民事法院不能決定專利是否有效，而必須等待智慧財產局就專利權的效力作出最終決定，才能進行審理，則專利訴訟的審理可能便要耗時許久，因此，在台灣，處理專利侵權訴訟的民事法院，必須自行判斷專利是否有效力、是否存在有撤銷專利的理由，不得以等待行政機關判斷的理由，將訴訟案件停止審理。
然而，這個時候，便會有另外一個議題發生，也就是，如果民事法院跟智慧財產局作出不同判斷時，該如何解決(例如，民事法院認為專利不應該被撤銷，智慧財產局認為專利應該被撤銷)。這種情況發生的可能原因很多，包括：被告向法院及智慧財產局提交的不同的證據；智慧財產局受理的舉發程序，發起人不是侵權訴訟的被告方；被告在訴訟經過一段時間後，才發現先前技術的證據；專利權在智慧財產作出專利更正，但沒有向法院揭露；或法院跟智慧財產局各自依其專業，對證據有不同的評價等，都是可能的原因。負責審理智慧財產案件的智慧財產及商業法院在經過十幾年的審理，已經有一些避免歧異的作法，也累積了相當多經驗，包括在訴訟前階段要求被告方迅速提交專利無效的證據外；在訴訟過程中詢問雙方是否在行政機關有專利舉發案件以及其進度；或是讓雙方協議依據更正前或更正後的專利為審理，盡量讓歧異情況降低。
雖然，實際上發生法院跟行政機關見解歧異的案件，其實也不多見。但，這畢竟是一個審理上可能發生的難題，因此，在修正後的智慧財產案件審理法中(2023年8月30日起施行)，立法者強化了對民事法院與行政機關相互溝通的要求，當被告抗辯專利權有應撤銷之原因時，法院應即通知智慧財產局，智慧財產局收受前述通知時，應即就有無受理撤銷專利權案件通知法院；智慧財產局已作成出判斷，決定是否撤銷專利時，也應通知法院。此外，在涉及專利更正的案件中，也作出了規定，要求專利權人須向法院陳明專利更正資訊，以及法院得對更正合法性為判斷的權利。
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